Babylon เล่าเรื่องราวของ Zen Seizaki อัยการประจำเขตโตเกียว ผู้ที่กำลังสืบสวนคดีเกี่ยวกับบริษัทยาและมหาวิทยาลัยที่อาจมีส่วนเกี่ยวข้องกับยาเสพติดและการทุจริต ระหว่างการสืบสวน Zen พบเอกสารลึกลับที่ถูกเก็บไว้โดย Shin Inaba วิสัญญีแพทย์ผู้ล่วงลับ ซึ่งภายในเอกสารนั้นมีคราบเลือด ผม และกระดาษที่มีตัวอักษร “F” เขียนไว้
เมื่อ Zen เริ่มขุดคุ้ยเบื้องหลังสิ่งที่เขาพบ เขากลับค้นพบเงื่อนงำที่นำพาเขาเข้าสู่เรื่องราวซับซ้อนของการคอรัปชั่น การล่อลวง และความมืดมิดในระบบกฎหมาย รวมถึงการต่อสู้เพื่ออุดมคติที่อาจทำลายจิตใจและศีลธรรมของเขาเอง
